Auch in gesundheitlicher Hinsicht stellt die Massentierhaltung ein Problem dar. Eine große Gefahr besteht in der breiten Anwendung von Antibiotika. Bekanntlich können sich durch einen zu häufigen Einsatz dieser Mittel resistente oder sogar multiresistente Keime (z.B. MRSA) bilden. Das Problem verschärft sich durch den Umstand, dass auch sogenannte Reserveantibiotika in der Massentierhaltung breite Anwendung finden. Es handelt sich hierbei um Antibiotika, die besser für die Behandlung von Infektionen mit multiresistenten Keimen bei Menschen zurückgehalten würden. Durch den Einsatz dieser Reserveantibiotika besteht aber die Gefahr, dass sich auch hier Resistenzen bilden und die Anwendung eines Reserveantibiotikums beim Menschen unter Umständen nicht mehr hilft. Studien bestätigen außerdem, dass in der Umgebung von Megaställen häufiger MRSA-Keime auftreten. Die Zahl der multiresistenten Keime in der Landwirtschaft steigt seit Jahren. Beim Menschen gab es auch in Deutschland bereits bestätigte Todesfälle durch MRSA-Keime - auch aus der Landwirtschaft. Während sich diese Keime vornehmlich über die Luft verbreiten können, gelangen Antibiotika (bzw. deren Zerfallsprodukte) entweder direkt über die Nahrungsprodukte der Massentierhaltung oder indirekt über das Wasser in die Umwelt und so schließlich zum Menschen.
Um die Belastung der Anwohner von Massentierhaltungsanlagen vor Keimen, Feinstaub, Bioaerosolen (Pilze, Bakterien, Viren etc.) und langandauernder Geruchsbelästigung möglichst gering zu halten, wurde die Geruchsimmissionsschutz-Richtlinie (GIRL) verabschiedet. Leider stockt die Umsetzung dieser Richtlinie erheblich. Um das Problem gar nicht erst entstehen zu lassen, wäre der Verzicht auf Großanlagen die einfachere Lösung. Damit würden auch die gesundheitsgefährdenden Lärm- und Abgasbelastungen durch Futter-, Tier- und Gülletransporte wegfallen, denen Anwohner in der Nähe von solchen Großanlagen verstärkt ausgesetzt sind.
Ein anderer Aspekt möglicher Gefahren für die menschliche Gesundheit ist die Anwendung von Gentechnik in der Massentierhaltung, welche in der Zucht und in der Futtermittelproduktion zum Einsatz kommt. Auch hier gilt: Die Risiken der Gentechnik sind nicht einschätzbar und ein vermeidbares Risiko.
Schließlich bedroht die Massentierhaltung mittelbar die Gesundheit von Menschen, wenn sie auf Soja-Futtermittelproduktion außerhalb der EU zurückgreift. Denn hier kommen oft Herbizide unter Arbeitsbedingungen zum Einsatz, die in Europa undenkbar wären und schwere gesundheitliche Folgen für die ProduzentInnen nach sich ziehen. Eine einheimische und regionale Futtermittelproduktion würde diese gesundheitsgefährdende Praxis zumindest nicht unterstützen und nebenbei die Schadstoffemissionen durch kürzere Verkehrswege reduzieren.
